Bon je n'ai pas réussi à trouver la solution malgrès pas mal de recherche, de changement dans les options de lecture de fichier REVIT, rien n'y faisait, pas même les changements de vues... Du coup j'ai remis mon R+3 dans la même phase que les autres objets et j'ai mis un commentaire spécifique sur le niveau R+3 que j'ai ensuite filtré par la négative pour gérer mes affichages sous REVIT. Et là plus de problème lors de la synchronisation du fichier REVIT sur Navisworks, mon niveau R+3 est réapparu !
Si quelqu'un a une info je suis preneur tout de même !
Merci encore.